Dat het DWU op 1 mei 2016 van kracht wordt, betekent niet dat de hele wet op die dag is geïmplementeerd. De implementatie is afhankelijk van de (Europese) IT-ontwikkelingen aan de zijde van de overheid. Het DWU wordt daardoor gefaseerd ingevoerd. Dit gaat van start op 1 mei 2016 en duurt tot en met 31 december 2020.
De precieze planning van implementatie is nog niet bekend, maar op 1 mei worden de onderdelen waarvoor geen IT aanpassingen nodig zijn wel van kracht: AEO, Bindende inlichtingen, Douanewaarde en Bijzondere regelingen (waaronder verdeling en entrepots). Hoewel de wetgeving vanaf die datum van kracht is, worden de vergunningen gefaseerd overgezet.